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魚類之所以受人矚目，主要還是牠們那絢麗的獨特色彩。雖然淡水魚的美艷無法與海水魚相比擬，但是在成員中仍然不乏有讓人賞心悅目的種類存在。
不過在正常情況下，淡水魚有其固定的體色展現，譬如鯽魚，牠的基本色彩便是銀白色，即使到了婚姻期或環境的改變下，頂多體色轉換成墨綠或微黑色，這對魚類來說，是經常有的體色變化，也都是在我們觀察辨識的理解範圍之內，並沒有什麼驚人之處。
但是有些種類的淡水魚，牠們平常的體色便呈現了千變萬化的形態，其中黑鰭枝牙鰕虎就是很好的例子。這種小型的洄游性魚類，雄魚的體色有?亮麗的金屬色彩，有時呈現綠、藍或紫色光澤，甚至橘紅色，所以每一隻雄魚的斑紋搭配都不盡相同，像這樣的魚種，除非長時間進行野外觀察，否則很容易發生鑑定上的錯誤。
許多淡水魚類到了求偶期，往往能夠展現出意想不到的色彩變化，鰕虎科的短塘鱧，便是其中的佼佼者。平常這種魚類的體色，為略帶透明的淡黃褐色；一旦進入婚姻期時，雄魚的色彩便會有180度的轉變，有時全身漆黑，有時前半身橘紅、後半部漆黑，甚至整隻魚都散發出帶有月暈般的鮮明橘紅色，讓人驚豔不已。
魚類的性別與其他動物一樣，有些種類的兩性色彩差異頗大，甚至可以說是到了懸殊的地步。例如紫身枝牙鰕虎的雄魚，一條帶有金屬光澤的紫藍色彩貫穿全身，鮮麗十足；不過雌魚卻只有幾條黑色縱帶，在略帶透明的身體上貫穿而過。
再來，有些淡水魚進入陌生環境後，會轉變色彩以模擬周圍的環境，黑斑脊鰕虎就是其中的頂尖高手。這種魚類的行為遲緩，不愛游動，所以平常都是隱藏在水生植物、石礫或沉木的枝條間，所以一旦轉移停棲點，色彩便會跟著改變。
與黑斑脊鰕虎一樣，許多鰕虎科成員也多有這樣的色彩轉換，如大口吻鰕虎、斑帶吻鰕虎或台灣吻鰕虎等，牠們身上的橫帶或黑斑，亦會隨環境加深或消褪。所以一種淡水魚的色彩，比我們想像中還要複雜許多，也正因為如此，才更能突顯這群水域生物的自然之美。
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